V dřevinné skladbě pražských lesů jednoznačně převažují listnaté porosty ve složení dub, lípa a habr, což odpovídá místní nadmořské výšce (cca 200 – 400 m n. m.). V poměrně značné míře se zde vyskytuje i trnovník akát, který roste zejména na strmých svazích; dříve byl na těchto místech cíleně vysazován, aby bránil erozi. Akát je však postupně převáděn na vhodnější porosty.

Jehličnaté dřeviny zastupují borovice, smrk, modřín a introdukovaná borovice černá, jejíž porosty dnes ale rovněž ustupují příhodnějším druhům stromů.

Kromě těchto hlavních druhů se ve zdejších lesích objevuje řada dalších dřevin, zejména buky, javory, jasany, břízy, jilmy, olše, jeřáby včetně břeku a muku, třešeň ptačí, ořešáky, jedle, douglaska a mnoho druhů keřů, které se už při zalesňovacích pracích do porostů přímo vysazují.

Pražská příroda je velmi rozmanitá a vyskytuje se zde také velké množství chráněných druhů živočichů a rostlin. Na území hl. města Prahy se nachází 88 maloplošných zvláště chráněných území o rozloze více než 2 220 hektarů, z toho 7 národních přírodních památek, 15 přírodních rezervací a 66 přírodních památek.

Mezi zvěř, jejímž domovem jsou pražské lesy, počítáme srnce, divoká prasata, zajíce, bažanty a další. Velkou zvláštností Kunratického lesa je stádo muflonů, kteří zde byli uměle vysazeni.

Hlavní město Praha jako vlastník velkého množství lesních i zemědělských pozemků je členem všech honebních společenstev, jejichž honitby alespoň částečně zasahují na území hl. m. Prahy. Především v okrajových částech a v lesích mimo území hl. m. Prahy (katastrální úřad Říčany) jsou lesy součástí honiteb, které jsou honebními společenstvy většinou pronajaty.

Některé lesy – zejména v zastavěné části území obce – patří mezi nehonební pozemky (např. obora Hvězda, Kunratický les, Hodkovičky, Cibulka, Čimický háj a další). Dojde-li k přemnožení některého druhu zvěře a nárůstu škod na lesních porostech, žádá se v těchto jednotlivých případech o povolení regulačního odlovu.